Выксунское Духовное училище ведет свою историю с 1996 года, когда по благословению Митрополита Нижегородского и Арзамасского Николая (Кутепова) из выпускников воскресной школы при храме в честь Рождества Христова г. Выкса была набрана первая учебная группа. Храмы и монастыри в то время только начинали возрождаться, необходимых помещений и средств на организацию образовательной деятельности часто было недостаточно, порой преподавателям и воспитанникам духовной школы приходилось сталкиваться с бытовыми проблемами, отсутствием учебных пособий, благоустроенных аудиторий и общежитий.
Русская Церковь вместе со своими юными воспитанниками духовных школ в полной мере разделили с народом экономический кризис, охвативший постсоветскую Россию. Средства на содержание училища приходилось искать, где только можно, и огромная ответственность и нагрузка лежали на первых руководителях возрождаемых и вновь открываемых семинарий и училищ. Слава Богу, находились добрые люди, благотворители, осознававшие значимость образования будущих пастырей. Выксунскому духовному училищу главную поддержку оказывало и оказывает градообразующее предприятие – Выксунский металлургический завод.
Первые три года училище располагалось в одной половине отреставрированного храма святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Ректором училища по благословению владыки Николая стал благочинный Выксунского округа протоиерей Геннадий Колоколов. В 1999 году училище было перенесено в левое крыло здания бывшей купеческой гостиницы Выксунского Иверского женского монастыря, где в советское время располагалось профтехучилище.
